Yo estoy usando PCX2MSX por un tubo, y funciona la mar de bien. De hecho tengo mi carpetita "graphics" con los gráficos, he metido al bitbuster en la carpeta "Tools" y con un bonito "BAT" lanzo PCX2MSX y bitbuster, incluyo el resultado en asMSX con un .incbin y listo.
Existen otras herramientas gráficas. Me viene a la cabeza el MSX screen conversor de Jannone. No lo he probado, pero tiene buena pinta. Lo puedes encontrar en
http://msx.jannone.org/