Te cuento, Imanok. A mi también me costó un poco:
1. Descargas el fmsxDS 0.06 de la web de nyagosu
aquí.
2. Copias a la tarjeta SD el archivo .NDS que más se ajuste a tu Supercard: si tienes una Supercard SC, copias el "fmsxDS_SC.nds", si no, utiliza el "fmsxDS.nds", que es el que yo utilizo. DA IGUAL donde lo coloces dentro de tu SD, una carpetita sería lo suyo.
3. Después necesitas los siguientes archivos de la BIOS: MSX2.ROM, MSX2EXT.ROM, DISK.ROM. Copias los tres archivos EN EL DIRECTORIO RAIZ de la SD card. Esto es importante, ya que el emulador los busca en esa ubicación, y si no, no arrancará.
4. Luego vuelcas tus ROMs, DSKs o lo que quieras en la SD, en la carpeta que quieras.
5. Ejecutas el .NDS. Para cargar un juego, selecciona el icono de ROM, DSK o TAPE y se abrirá un explorador de archivos, donde podrás buscar tus juegos. Luego, cuando ya esté seleccionado, selecciona el icono de la izquierda, el de Power, y tras leer los ROMs de la BIOS, la emulación debería comenzar sin problemas.
El joystick está mapeado en el D-pad, así como los botones A y B. Para cualquier otra tecla, dispones en la pantalla táctil de un teclado virtual donde puedes pulsar cualquier tecla que quieras.