He estado investigando un poco y veo que yo estaba un poco confundido...
Es como dices, los joysticks oficiales MSX deberían de usar pin 9 como masa. (Lo cual es un poco tonto porque casi todos los demás empezando por la Atari utilizan para ello el pin
. El el MSX el 8 es un pin de salida que podemos usar para enviar señales, pero como por defecto está a valor 0, tenemos la suerte de que funcionen también el resto de dispositivos.
El pin 8 lo usan los ratones MSX como señal de control desde el MSX.