Buenas. En la versión última que tengo de nMSXtiles hay una opción que es "Reorder Colors" en el menú "Tiles Tools" que puede que te sirva.
Has de importar la imagen en formato PNG pero para ello antes debes crear un fichero "paleta" (un fichero PNG normal). Cuando el programa importa el PNG mira el color del píxel y se va al fichero "paleta" y busca entre los 16 primeros píxels a cuál se corresponde. Entonces, si el color leído es el mismo que el color del fichero paleta en la posición 8 por ejemplo, pues será un rojo de MSX. Y así... Por tanto, antes has de confeccionarte un fichero paleta. Como dices que es a dos colores, creas un fichero paleta (recuerda que es un fichero PNG normal), captura el color (por ejemplo con GIMP) negro utilizado y lo pones en el píxel 0 del fichero paleta. Y capturas el color blanco y lo pones en el píxel 15 (si empiezas a contar por 0).
Creas un nuevo proyecto, Importar, te pide primero el fichero paleta y luego el fichero a importar. Si todo ha ido bien, en los bancos de tiles te saldrá la imagen. Entonces, le das a la opción "Reorder Colors" y te pondrá todos los pixels blancos juntos. Parece lioso lo del fichero paleta pero si entiendes el funcionamiento, es trivial.
Si no encuentras otra cosa y no te sale, envíame el fichero y te creo la paleta.
nMSXTIles v0.8.5->
https://www.dropbox.com/s/gbzaacvcfc5ycbp/nmsxtilesv0.8.5.zip?dl=0
