Hombre... Yo soy muy anarquico para eso. Pero si hay varias cosas que hago siempre de la misma manera, porque me conviene, mas que nada...
Las variables las etiqueto como @VARIABLE@, generalmente en mayusculas, y la @ para que el editor me las pinte de azul.
Las llamadas a la BIOS las pongo como _LLAMADA_, y asi el editor me las pinta de verde.
Las rutinas propias las pongo tal que asi ~Rutina: De esta manera, con el ~, el editor me permite acceder a una lista de rutinas con tan solo pulsar F2, y saltar de una a otra facilmente.
Para etiquetas locales, como dices, hago lo del punto tambien, pero aunque a veces pongo solo un numero, suelo intentar que sean mas descriptivas.
Los comentarios ... pfff. Intento que me queden alineados a la derecha, tras las instrucciones, pero suele pasar que meto comentarios con mas o menos indentacion asi porque si. Al menos, el editor me los pinta de rojo y nunca hay problema para diferenciarlos. Intento poner la descripcion de la rutina al inicio, pero va muy segun lo perro que este ese dia. Ademas, suelo mezclar comentarios en castellano e ingles (catalan no mucho...). Asi, indiscriminadamente. Puedes encontrarte un comentario en castellano, y el de la linea de debajo, en ingles.
El codigo ensamblador tb generalmente en minusculas, aunque de tanto en tanto no xD Especialmente para los registros, a veces los mezclo. Algo asi como ld a,(IX+1)
Generalmente suelo poner los incbins con datos y tal al final, tras todo el codigo. Pero depende, en Megaroms, pues no porque depende de como me estructure cada pagina...
Tambien intento, como dices, tener el codigo separado en ficheros segun su funcion, pero cuantos ficheros y categorias tengo y que rutinas meto en cada depende de como me de. Especialmente para las rutinas de libreria, que suelen estar mas desperdigadas de lo que deberian :S En todo caso, me da mucho palo tener un fichero con mucho codigo pero tambien me da mucho palo tener muchos ficheros
Lo que si tengo siempre aparte es un par de ficheros con equs que incluyo en cada proyecto, uno con las llamadas a la BIOS y otro con las direcciones de VRAM.
Y este es todo el orden que me permito, el resto es todo caotico.
Yo no espero que lo dicho sea de ayuda a nadie, pero bueno, ahi queda...