Mi idea era justo la contraria; ahorrarme los JR y las etiquetas mediante el segundo CALL Menos instrucciones y menos saltos con el mismo número de condiciones.
Pero tu respuesta me ha puesto sobre la pista de lo que pasaba. No es que no se estuviera llamando el segundo CALL, era justo lo contrario; al llamarse el primero se modificaban los flags y se llamaba también al segundo. Como ambas funciones hacen justo lo contrario, "se anulaban" entre ellas y parecía que no se estaba llamando a ninguna.
No sé qué paja mental me había montado para no darme cuenta...

Sí, ya lo ví.
Nah si era porque pensé en lo de los dos CALLs condicionales y quedaba tan bonito el código... Al final se queda con los JR.
Hay que mantener un poco el misterio ^_^

No había visto tu respuesta, Metalbrain.
En condiciones generales, nz sí que es más común que z (en proporción 255 a 1), pero en mi caso partícular son equiprobables.
Pero vamos, que al final se queda como está, con el if-then-else por jrs. Modificar uno de los métodos (añadir el xor a) pues es mejorar este caso para penalizar el resto de sitios en los que se usa. Y al fin y al cabo era más por optimizar estéticamente el código que porque necesitara más velocidad o memoria.
El código del Genesis es inmanejable para mí; no sé ni por dónde empezar a mirar. De momento me tengo que conformar con los ejemplos del asMSX y el Jumping

Muchas gracias a todos por las respuestas.

Y aquí voy con otras dos consultas:

Ahora mismo, mi código (asMSX) empieza con:
El caso es que la directiva .rom ya hace automáticamente dicho padding (e incluso el .start), pero siempre lo veo puesto explícitamente. Es decir, si simplifico lo anterior a lo siguiente, genera exactamente el mismo fichero .rom:
Entonces viene la duda, porque en todos los ejemplos he visto el start y, en la mayoría, el padding. ¿Se deja simplemente por claridad o hay algún motivo que se me escapa? (en algunos casos he visto el padding de la tercera línea con .dws)

Y una última cosa: he visto que algunos listados empiezan por ld sp, $f380 ¿Es necesario? ¿El stack pointer no está inicialmente apuntando ya ahí?

Lo dicho, muchas gracias a todos de antemano.

Qué respuesta más rápida
La verdad es que ahora que ya voy con algo más de rodaje sí que veo las cosas más claras (como lo de montar la cabecera manual del ROM que comentabas). Pero vamos, que el asMSX lo pone bien fácil; fue uno de los empujoncitos para que yo empezara con esto del ASM.
Hum... está bien saberlo. Hablando de una ROM ¿podría dar problemas cargarla con execrom, por ejemplo?