Como cualquier otra cosa en programación, el código síncrono (así como el automodificable) debe utilizarse sólo en situaciones justificadas, ya que el asunto pasa de ser algo puramente algorítmico a cirugía pura y dura.
Tal como dice pitpan, se suele usar para exprimir el PSG y/o lograr efectos gráficos que de otra manera no serían posibles, aunque yo no las calificaría de "muy raras", ya que el propio PSG está preparado para ser usado como un DAC por la CPU al poner la frecuencia a 0, y la mayoría de registros del VDP no estan latcheados (al contrario del Atari ST, por ejemplo) para que puedas hacer efectos gráficos en tiempo real.
En cuanto a fiarse de los tiempos, estad tranquilos, porque en su día hice una inmensa batería de pruebas para el scroll 3D de un juego tipo Street Fighter a base de código síncrono, y los resultados en todos los modelos fueron exactos como un reloj suizo. Así que si la máquina es 100% compatible MSX el código síncrono ha de funcionar bien. Incluso hay métodos para compensar por posibles tolerancias entre modelos.
Otra cosa curiosa fruto de usar código síncrono es que, a pesar de funcionar en todas las máquinas reales, en varias ocasiones han reventado gran cantidad de emuladores, lo cual es bueno ya que gracias a ello se han podido mejorar dichos emuladores
