Buenas neng,
Pues depende de muchos factores. Lo más fácil es compararlas bit a bit para ver si son versiones distintas. Te pongo algunos ejemplos:
1. ROMs distintas en goodMSX. Son reediciones de los mismos juegos en los que a veces cambiaban/arreglaban algunas cosas (del Vampire Killer hay alguna versión). No sé si del RType sacaron otra versión que sí pillaba el FM interno (vamos, que las rutinas de detección estaban bien).
2. ROMs modificadas por compatibilidad. Como dices, en su día hubo personas que se dedicaron a cambiar los mappers para hacerlas coincidir con algún mapeo específico... por ejemplo JAM convirtió muchas para que funcionaran en la Flash de Padial (de mapper Konami a ASCII o de mappers ASCII "poco frecuentes" a ASCII normales (por poner un ejemplo, el Super Lode Runner)).
3. ROMs "modificadas"
. De estas destacaría las que por ejemplo activan el R800 en algunos casos, meten invulnerabilidad o cambian la marca "KONAMI" por otra que quepa... recuerdo una llamada "MARTOS".
Seguro que hay más casos, pero básicamente se engloban en esos, en mi opinión.
Un saludo y en breve nos vemos!